Het College van Toezicht oordeelt – desgevraagd – over de wijze waarop de leden van de BNA hun beroep uitoefenen en de gedragscode in acht nemen. Het College bestaat uit leden van de BNA. De voorzitter en secretaris zijn onafhankelijke juristen. Het College van Toezicht neemt klachten in eerste aanleg in behandeling. De behandeling in beroep vindt plaats bij de Raad van Beroep.
Aan een procedure voor het College van Toezicht en de Raad van Beroep zijn kosten verbonden. BNA-leden, opdrachtgevers en leden van de zusterverenigingen zijn vrijgesteld van de betaling van deze administratiekosten. De overige klagers moeten wel administratiekosten betalen. De hoogte van de bijdrage is bij het College van Toezicht op € 650,- vastgesteld. Bij de Raad van Beroep is de bijdrage vastgesteld op € 350,-. In het geval de klacht geheel of gedeeltelijk gegrond blijkt te zijn wordt het betaalde bedrag aan administratiekosten teruggestort.
Klachten van architecten/architectenbureaus – al dan niet lid van de BNA – over BNA-leden, worden pas in behandeling genomen nadat partijen hun geschil ter bemiddeling hebben voorgelegd aan een deken, en de deken aangeeft het geschil niet tot een einde te kunnen brengen.